Mimo tego, że to dyrektor i nauczyciele mają najwięcej władzy w szkole, powstał również Samorząd Uczniowski, który ma za zadanie pilnowanie uczniów oraz komunikację między nimi, a większymi osobistościami w szkole. Akademia musi się przecież rozwijać, prawda? Oto spis obecnie rządzących:

Przewodniczący Samorządu: Shadow

V-ce Przewodniczący: Rokudo Mukuro

Sekretarze: Brak

Komitet Dyscyplinarny: Cloud

Organizatorzy Imprez: Brak

Członkowie Samorządu: Brak

Aby dołączyć do samorządu, trzeba mieć zaliczonych kilka lekcji (przeważnie 4), mieć poparcie uczniów w szkole oraz najlepiej kogoś poparcie z samorządu. Kiedy spełnisz te warunki, wystarczy spotkać się z przewodniczącym na fabule i obgadać całą sprawę. Decyzję o dołączeniu może zaakceptować tylko Shadow, nikt więcej.